1926-cı ilə qədər banditizmə və təxribatçılığa qarşı mübarizə üzrə Fövqaladə Komissiyanın, sonra isə Dövlət Təhlükəsizlik Komitəsinin sədri işləyir. 1927-ci ildə Qarabağda erməni bandit dəstələrini təqib edərkən, SSRİ- İran dövlət sərhədini qanunsuz keçdiyinə və əməliyyat zamanı İran tərəfdən sərhədyanı kəndlərdən birində bir neçə kəndli evini yandırdığına görə Bağırovu vəzifədən azad edib təsərrüfat işinə göndərdilər.
Azərbaycan SSR Xalq Komissarları Sovetinin sədri (1932-1933), Az.SSR K P Bakı Şəhər Komitəsinin birinci katibi (1933-1950), Azərbaycan SSR Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin birinci katibi (1933-1953), Azərbaycan SSR Nazirlər Sovetinin sədri (1953), Sov.İKP MK Rəyasət Heyətinin üzvlüyünə namizəd (1953) olub.
Sovet dövrü, 50-ci illərdən sonra onun adı da 1930-cu illərin kütləvi repressiyaları mövzusu ilə əlaqələndirilirdi. Bununla yanaşı, Mircəfər bir çox repressiya qurbanlarını uzun müddət bəladan qoruyub saxlaya bildiyi tarixə məlumdur.
37-ci il repressiyasından Mircəfər qoruduğu insanlardan biri də Mirmövsüm ağa olub. Deyilənə görə, Mirmövsüm ağaya toxunulmamaq üçün Məsumə xanım qardaşı Mircəfər Bağırovdan xahiş edib. Mircəfər Bağırov həmin vaxtları Mirmövsüm ağaya görə Moskvaya, Stalinin qəbuluna gedib.
Yazıçı, “Xəzan” jurnalının baş redaktoru Əli Bəy Azəri və tədqiqatçı-jurnalist Füzuli BARATOV Mir Cəfər Bağırovun qəbrini ziyarət edərkən.
